旁流即处理的原水系统的一小部分水量，主要的作用是防垢除垢、过滤排污，分为闭式和开式两种机型， 闭式即处理空调系统冷冻水，开式即处理空调系统冷却水。

闭式机的过滤是靠反冲洗，不带电机，开式机的过滤是刷式清洗。这些氧化性物质通过水的流动，扩散到所有水经过的地方，杀灭水系统中的细菌、藻类细胞。流经水处理器的水中细菌、藻类细胞，因在电流作用下，被直接杀死，活性氧在管道上生成氧化膜，保护设备不被进一步腐蚀，各种生物腐蚀、沉积腐蚀被抑制。水经处理后，水分子聚合度降低，结构发生变化，水的偶极距增大，极性增加，所有这些变化，都增加了水的水合能力和溶垢能力。

对于已结垢的系统，活性氧将破坏分子间的电子结合力，改变其晶体结构，使坚硬老垢变为疏松软化，积垢逐渐溶解或成碎屑脱落。水中所含的盐类离子Ca2+、Mg2+、CO32-、SO42-等因受到电流的作用，

分别趋向于不同的电极并被重新排列，难于趋向器壁积聚，从而防止水垢生成。水中悬浮粒子及胶体经过处理后其表面Zeta电位发生变化，脱稳絮凝而趋于沉淀析出。